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自动化高通量的单细胞差异表达分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	640199	ICELL8® cx 3’DE Chip	1 Chip	询价
Clontech	640167	ICELL8 3’DE Reagent Kit	1 Rxn	询价
Clontech	640212	ICELL8® Collection Kit – L	1 Pkg	询价
Clontech	640197	ICELL8® cx Loading Kit	1 Pkg	询价
Clontech	640192	ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack)	Each	询价

高通量、高品质、更经济的单细胞3’端转录组分析解决方案

· 高通量单细胞分析：同时生成上千单细胞测序数据 · 样品灵活性高：一次实验可同时对8个不同样品进行单细胞分析 · mRNA 3’端捕获测序：mRNA 3’端捕获测序差异表达分析所需reads数更少 · 减少样品处理操作：自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及混样，偏差更小 · 兼容illumina平台：构建的文库支持illumina平台测序   ■ 产品说明 通过结合Takara Bio单细胞RNA-Seq文库构建的技术优势及ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188） 单细胞分选的优良性能，ICELL8 3’DE Reagent Kit 实验流程能够一次制备最多八个不同样品的I llumina测序文库，可高通量地分析单细胞基因表达差异。 样品细胞经过染色、稀释，使用ICELL8 cx单细胞分选系统将其分注到微孔芯片ICELL8 cx 3’DE Chip（Code No. 640199）中。微孔芯片表面排布5,184个纳升微孔，并预先固相化了Barcodes。通过单细胞分选系统的成像功能和配套的CellSelect软件，含有活单细胞的微孔将被挑选出来，并添加RT-PCR试剂，在芯片中完成cDNA合成与扩增。从芯片中将DNA产物混合收集，使用基于转座酶的方法富集mRNA 3’ 端来源的cDNA，随后通过PCR扩增整合入Illumina index序列。 通过每个微孔特异的Barcode序列，能从最终的文库测序数据中回溯每个活的单细胞来源的数据，并可基于mRNA 3’ 端计数 ，进行差异基因表达分析。配合ICELL8 cx单细胞分选系统，ICELL8 3’DE Reagent Kit为高通量单细胞差异表达分析提供了高效、经济的解决方案，一次实验即可从上千个活的单细胞获得高质量3’ 端测序数据。   ■ 产品组分 完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。同时，请参考对应的User Manual得到一份完整的试剂耗材清单： 用于ICELL8 cx Single-Cell System · ICELL8 cx 3’DE Chip (Code No. 640199) · ICELL8 3’DE Reagent Kit（Code No. 640167) · ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212) · ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197) · ICELL8 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) (Code No. 640192) User Manual：ICELL8® cx 3’DE User Manual   图1 ICELL8 3’DE Reagent Kit工作流程   图2 选取iPS细胞分化至心肌细胞过程中的四个时间点（Day1/3/9/21），用 ICELL8 Single-Cell System进行单细胞高通量3’末端转录组分析，共获得约1,000个活的单细胞，平均每个细胞超过120,000 reads，测得1,200个基因（最大为750,000 reads，测得4,500个基因）；tSNE分析结果可以看出不同分化阶段的细胞存在明显的基因表达差异。   图3 细胞特异性基因表达变化 随着分化的进行，iPS细胞特异性基因的表达数量减少，而心肌细胞特异性基因的表达数量增加。   Technote： 点击图片查看   参考文献 1. Ren, Z. et al. Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Principles in Pathological Cardiac Hypertrophy. Circulation, 141, 1704–1719 (2020) 2. Wang, L. et al. Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function. Nat. Cell Biol. 22, 108–119 (2020) 3. Krieger, T. G., et al. Modeling Glioblastoma Invasion Using Human Brain Organoids and Single-Cell Transcriptomics. Neuro-Oncology, 22, 1138–1149 (2020) 4. Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019)   产品详情请点击：

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自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	640200	ICELL8® cx TCR Chip	1 Chip	询价
Clontech	640179	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	1 Chip	询价
Clontech	640180	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	5 Chips	询价
Clontech	640181	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	10 Chips	询价
Clontech	640182	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit	Each	询价
Clontech	640212	ICELL8® Collection Kit – L	1 Pkg	询价
Clontech	640197	ICELL8® cx Loading Kit	1 Pkg	询价
Clontech	640192	ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack)	Each	询价

高通量地阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta链多样性

· 灵敏性更高：基于RACE技术保证低丰度TCR变体的检出 · 特异性更强：获得全长reads，目的reads占比高，更正确的配对信息 · 5’端捕获测序差异表达分析：通过比对5’末端信息，产生所有转录本差异表达数据 · 灵活、高通量的单细胞分析：单次实验同时分析8个样品，生成上千单细胞的测序数据   ■ 应用领域 · 人单细胞TCR库分析（TCRα和TCRβ克隆型） · 5’端差异表达分析   ■ 产品说明 Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案应用SMART技术(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法，用于捕获由ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188）分选得到的上千“活的单细胞”的TCR转录本完整V(D)J可变区域。产生的文库可同时提供α链和β链的多样性信息。 实验流程中，cDNA扩增阶段整合了Illumina特异的接头序列，产生的文库带有index接头，可直接用于Illumina平台测序。Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案也可以同时支持5’末端差异表达分析。 在ICELL8 cx单细胞分选系统上，与单个T细胞一起被分注到TCR芯片（Code No. 640200）上的还有阳性对照和阴性对照。每个TCR芯片含有5,184个纳升级微孔，预制了1,728种Barcode，每个Barcode在芯片上被预制3次。使用CellSelect软件鉴定出具有“活的单细胞”微孔后，SMART RT-PCR试剂将被分注到含“活单细胞”的微孔中，用于后续分析。连接了Barcode序列的cDNA继续在微孔芯片上完成PCR扩增。接下来，从芯片中将连接好Barcode序列的扩增产物集中收集，并进行纯化。纯化后的cDNA作为第一轮TCR特异性PCR的模板，而第一轮TCR特异性PCR的产物作为第二轮TCR特异性PCR的模板，并整合Illumina index序列引物。   ■ 产品组分 完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考User Manual得到一份完整的试剂耗材清单： 用于ICELL8 cx Single-Cell System · ICELL8 cx TCR Chip (Code No. 640200) · ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182) · ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)* · ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212) · ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197) User Manual：ICELL8® cx Human TCR a/b Profiling user Manual *NOTE：Code No. 640179包含的Primer量足够1张芯片使用，若实验中需要使用多张芯片，请购买合适的indexing primer set。640180适用于5张芯片的实验，640181适用于10张芯片的实验。   图1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技术原理流程图   图2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling实验流程图   使用ICELL8单细胞分选系统对T细胞和PBMCs样品进行单细胞分选及后续单细胞TCR克隆型分析（图3）和5’端差异表达分析（图4）。 图3. T细胞与PBMCs的克隆型read计数 使用Excel对MiXCR软件输出结果进行筛选，为大于阴性对照（1X PBS）的TCRa和TCRb克隆类型定义一个read阈值（绿色实线为阈值线，对应read计数值为8）。数据使用统计软件JMP进行分析，并将结果绘制成箱图。图中点代表一个细胞中的TCRa（蓝色）和TCRb（红色）克隆型。阴性对照用于阈值设定，以便对分析样品和NTC（或低read克隆型）进行区分。Negative control 15个，Positive control 15个，T cells 530个，PBMCs 590个。   点击查看Technote   图4. T细胞与PBMCs的5’端差异表达分析 使用与图3相同来源的cDNA进行单细胞5’端差异表文库构建，评估每个Barcode获得的reads数。箱图中每个点代表一个指定细胞中检测到的reads数。文库测序由NextSeq® 550测序平台完成，每个细胞产生平均30K reads。在PBMCs和T细胞中平均检测到～1,150个基因。Negative control 15个，Positive control 15个，T cells 530个，PBMCs 590个。   点击查看Technote   ■ 参考文献 Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020)     产品详情请点击：   视频资料:《ICELL8系统T细胞受体测序（TCR-Seq）解决方案》

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单细胞水平人T细胞受体分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634431	SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit	96 Rxns	￥48,426
Clontech	634432	SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit	480 Rxns	￥149,865

SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit— 阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta 链配对

· 工作流程灵活—可以利用FACS（流式细胞术）或手动分选细胞构建 Illumina测序文库 · 易于使用—优化的index允许将96个细胞混合制成12个文库，    并可以进一步混合在一个flow-cell lane中测序 · 灵敏度高—基于RACE方法可以检测低丰度TCR变异体 · 特异性好—完整reads，大部分reads可以比对到目标区域，提供准确链配对信息

尽管批量T细胞测序有助于进一步了解T细胞受体库（TCR）多样性，但是批量测序不能确定T细胞群内特定的alpha-beta 受体链配对信息。由于特定的TCR alpha-beta链配对介导抗原特异性，获得配对信息对于深入了解抗原识别，靶向免疫治疗TCR的有效设计至关重要，也有助于确立T细胞群的祖先关系。单个T细胞测序可以确定特定细胞的配对信息，但是价格可能非常昂贵并涉及复杂的分析，因为大部分方法需要对大量的细胞测序。

使用SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit可以解决这些问题，在SMART cDNA Synthesis中通过采用一系列indexed oligo可以将手动或FACS分选的96个样品制成12个测序pool，并且这12个pool可以进一步混合，这样所有的96个样品可以在一个flow-cell lane 中测序。与用于大量样品测序的SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit 一样，试剂采用了SMART cDNA synthesis和RACE方法，通过进一步的TCR基因特异性PCR完整捕获和扩增TCR-alpha 和TCR-beta可变区构建Illumina测序文库，为TCR测序提供了一种高灵敏度的方法。

如果您需要软件对采用本试剂盒构建文库测序获得的数据进行demultiplex分析，请登录SMARTer Human scTCR Demultiplexer。

图1. 在单细胞水平进行T细胞研究的优势。

Panel A. T细胞受体alpha链 (TCR-α) 和beta链组成示意图。 Panel B. 示意了难以从批量细胞测序数据中获得alpha链 (TCR-α) 和beta链配对信息。针对稀有克隆型可以分析部分细胞中的配对信息（橙色克隆型），但是对于高表达的克隆型(TCRA V2J1, TCRA V2J2, TCRB V3D1J1, TCRB V2D1J2)可能有4种配对组合。

图2. SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit技术流程及pooling策略。

Panel A. 第一链cDNA合成由dT引物（RT引物）起始，MMLV型逆转录酶（RT）会在mRNA 5’端添加几个非模板核苷酸。SMART-Seq Indexed Oligos与这几个非模板核苷酸互补结合作为模板，通过RT在第一链cDNA末端添加额外核苷酸序列（也就是模板转换步骤）。试剂盒中提供8种不同的SMART-Seq Indexed Oligo，每一个SMART-Seq Indexed Oligo中内嵌唯一的六碱基index作为细胞barcode，用于下游pooling细胞的识别。通过RT添加到cDNA末端的额外序列-被称为“SMART sequence”-作为接下来几轮PCR扩增的引物结合位点，确保只有来自于全长cDNA的序列才能被扩增。经过pool（Panel B所示）和纯化后，通过连续两轮基因特异性PCR扩增来自于TCR-α 和/或 TCR-β可变区的cDNA序列。第一轮PCR采用扩增过的双链cDNA为模板，正向引物与SMART sequence互补，同时包含Illumina Read 2序列（TCR Primer 1），反向引物与TCR-α和TCR-β的恒定区（即不变区）互补（TCR a/b Human Primer 1）。第二轮PCR以第一轮PCR产物为模板，采用的正向引物与第一轮PCR添加的Read 2 序列互补。反向引物与恒定区结合，位于PCR1 primers内侧 (TCR a/b Human Primer 2 Reverse HT Index)，扩增TCR-α和TCR-β cDNA的完整可变区及部分恒定区。正向引物和反向引物包含适用于Illumina测序平台的接头序列和index，可以将多达96个样品混合用于在一个flow-cell lane中测序。Panel B. 按列混合样品，这样每个pool中包含8个细胞，每个细胞带有不同index的SMART-Seq Indexed Oligo 。在PCR 2中通过正向和反向HT indexes的不同组合使用，可以将多样品进一步混合在一个flow-cell lane 中测序（更多信息参见User Manual）。

图3. 96孔板中混合细胞群的分析。

Panel A. 基于鉴别每孔的克隆型确定细胞种类。遗漏的7个细胞没能通过对高于阈值的TCR-α 或TCR-β的reads数分析确定克隆型。Panel B. 配对信息分析。分析获得了平板中34个细胞的TCR-αβ配对克隆型。Panel C. 以百分比展示了分析细胞的alpha，beta，或alpha-beta配对信息。遗漏的细胞没有包括在分析数据中。

Technote： 点击图片查看   SMART human scTCR-seq： 点击图片下载

产品详情请点击：

视频资料：在单细胞水平对人T细胞受体库分析的解决方案

Takara Bio USA公司Dr. Ankita Das和Dr. Sarah Taylor探讨可以实现分析每个细胞中的TCRα和TCRβ链的可变区全长序列，构建测序文库的SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit。

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自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	640200	ICELL8® cx TCR Chip	1 Chip	询价
Clontech	640179	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	1 Chip	询价
Clontech	640180	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	5 Chips	询价
Clontech	640181	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	10 Chips	询价
Clontech	640182	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit	Each	询价
Clontech	640212	ICELL8® Collection Kit – L	1 Pkg	询价
Clontech	640197	ICELL8® cx Loading Kit	1 Pkg	询价
Clontech	640192	ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack)	Each	询价

高通量地阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta链多样性

· 灵敏性更高：基于RACE技术保证低丰度TCR变体的检出 · 特异性更强：获得全长reads，目的reads占比高，更正确的配对信息 · 5’端捕获测序差异表达分析：通过比对5’末端信息，产生所有转录本差异表达数据 · 灵活、高通量的单细胞分析：单次实验同时分析8个样品，生成上千单细胞的测序数据   ■ 应用领域 · 人单细胞TCR库分析（TCRα和TCRβ克隆型） · 5’端差异表达分析   ■ 产品说明 Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案应用SMART技术(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法，用于捕获由ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188）分选得到的上千“活的单细胞”的TCR转录本完整V(D)J可变区域。产生的文库可同时提供α链和β链的多样性信息。 实验流程中，cDNA扩增阶段整合了Illumina特异的接头序列，产生的文库带有index接头，可直接用于Illumina平台测序。Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案也可以同时支持5’末端差异表达分析。 在ICELL8 cx单细胞分选系统上，与单个T细胞一起被分注到TCR芯片（Code No. 640200）上的还有阳性对照和阴性对照。每个TCR芯片含有5,184个纳升级微孔，预制了1,728种Barcode，每个Barcode在芯片上被预制3次。使用CellSelect软件鉴定出具有“活的单细胞”微孔后，SMART RT-PCR试剂将被分注到含“活单细胞”的微孔中，用于后续分析。连接了Barcode序列的cDNA继续在微孔芯片上完成PCR扩增。接下来，从芯片中将连接好Barcode序列的扩增产物集中收集，并进行纯化。纯化后的cDNA作为第一轮TCR特异性PCR的模板，而第一轮TCR特异性PCR的产物作为第二轮TCR特异性PCR的模板，并整合Illumina index序列引物。   ■ 产品组分 完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考User Manual得到一份完整的试剂耗材清单： 用于ICELL8 cx Single-Cell System · ICELL8 cx TCR Chip (Code No. 640200) · ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182) · ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)* · ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212) · ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197) User Manual：ICELL8® cx Human TCR a/b Profiling user Manual *NOTE：Code No. 640179包含的Primer量足够1张芯片使用，若实验中需要使用多张芯片，请购买合适的indexing primer set。640180适用于5张芯片的实验，640181适用于10张芯片的实验。   图1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技术原理流程图   图2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling实验流程图   使用ICELL8单细胞分选系统对T细胞和PBMCs样品进行单细胞分选及后续单细胞TCR克隆型分析（图3）和5’端差异表达分析（图4）。 图3. T细胞与PBMCs的克隆型read计数 使用Excel对MiXCR软件输出结果进行筛选，为大于阴性对照（1X PBS）的TCRa和TCRb克隆类型定义一个read阈值（绿色实线为阈值线，对应read计数值为8）。数据使用统计软件JMP进行分析，并将结果绘制成箱图。图中点代表一个细胞中的TCRa（蓝色）和TCRb（红色）克隆型。阴性对照用于阈值设定，以便对分析样品和NTC（或低read克隆型）进行区分。Negative control 15个，Positive control 15个，T cells 530个，PBMCs 590个。   点击查看Technote   图4. T细胞与PBMCs的5’端差异表达分析 使用与图3相同来源的cDNA进行单细胞5’端差异表文库构建，评估每个Barcode获得的reads数。箱图中每个点代表一个指定细胞中检测到的reads数。文库测序由NextSeq® 550测序平台完成，每个细胞产生平均30K reads。在PBMCs和T细胞中平均检测到～1,150个基因。Negative control 15个，Positive control 15个，T cells 530个，PBMCs 590个。   点击查看Technote   ■ 参考文献 Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020)     产品详情请点击：   视频资料:《ICELL8系统T细胞受体测序（TCR-Seq）解决方案》