操作简便的单细胞mRNA分析酶试剂盒Takara Clontech

发表于2022年8月21日由上海金畔生物科技有限公司

上海金畔生物科技有限公司代理Takara Clontech酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

操作简便的单细胞mRNA分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634436	SMART-Seq^® HT Kit	480 Rxns	￥118,883
Clontech	634437	SMART-Seq^® HT Kit	96 Rxns	￥30,910
Clontech	634438	SMART-Seq^® HT Kit	192 Rxns	￥57,064
Clontech	634439	SMART-Seq^® HT Lysis Components	96 Rxns	￥1,199

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SMART-Seq HT Kit & SMART-Seq HT Plus Kit：自动化友好型的单细胞mRNA全长分析

· 自动化友好型 - 兼容自动化工作站，更少的时间分析更多的样本
· 高灵敏度 - 可以从单细胞或10 pg总RNA起始（起始量：1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA）
· 高质量的RNA-Seq数据 - 保留全长基因信息，低rRNA比率，高基因检出数，有效扩增GC-rich转录本
· 单管操作流程 - SMART-Seq HT PLUS Kit包含完整的cDNA合成和文库构建流程，分别在单管中进行，减少样品损失与混淆，降低手动操作误差
· 增强的测序性能 - SMART-Seq HT PLUS Kit整合双端特殊index（UDI），即便多个文库pool后用高通量型illumina测序仪（如Novaseq）分析，也能得到正确结果
· 更高的文库产量 - 更便于使用高通量型illumina测序仪测序（如Novaseq），或保存剩余的文库用于多次测序

■ 产品说明

SMART-Seq HT Kit（SS-HT）和SMART-Seq HT Plus Kit（SS-HT PLUS）均兼容自动化移液工作站，采用oligo(dT)引物，支持1-100个细胞或10 pg-1 ng总RNA起始。
SS-HT试剂盒是从第4代的SMARTer Ultra Low试剂（SMART-Seq v4）发展而来的，具有简化的操作流程，将原有的反转录和PCR扩增步骤整合为一步，且不影响性能。细胞分离或RNA提取后，仅通过一步RT-PCR扩增双链cDNA，然后进行纯化完成操作。cDNA合成可在4小时内完成，整个文库构建方案可在2天内完成。而且，SMART-Seq HT试剂盒具有与SMART-Seq v4试剂盒相同的灵敏度和可重复性。核心的SMART技术，是一种对全转录组研究，以及包括细胞内剪接位点，可变剪接研究的非常强大的工具，且可以检测全长基因。 Oligo（dT）可以从高品质总RNA（RIN> 8）或完整细胞中特异性扩增mRNA。通过采用LNA技术，提升了模板转换的效率与基因检出数等性能。
SS-HT PLUS Kit在包含核心的cDNA合成试剂基础上，同时整合了Takara Bio Group专利性的文库构建技术（U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727, 10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823）及单次使用的双端特殊index（UDI），提供完整的单细胞cDNA合成到文库构建的实验体验。建库试剂中包含片段化酶，以实现对合成cDNA的片段化，接着利用特别的茎环形接头构建高品质illumina文库。在建库阶段，单管两步操作、过程中无需纯化、2 h即可建成文库！

■ SS-HT Kit：流程缩短、性能不变！

图1 SMART-Seq HT的技术流程

图2 SMART-Seq v4和SMART-Seq HT工作流程的比较

SMART-Seq HT（右）是由SMART-Seq v4方法（左）经过改进而来的一个手动操作时间更短的高通量工作流程。使用FACS方法获得单细胞，SMART-Seq HT试剂盒只需3个操作步骤即可制备cDNA，而SMART-Seq v4试剂盒需要6步。SMART-Seq HT工作流程的一个重要步骤是一步RT-PCR，即使用一步RT-PCR缓冲液，进行高效的反转录和PCR扩增cDNA的过程。

图3 使用SMART-seq v4 kit和SMART-Seq HT kit从FACS分选的293T细胞中获得的高重复性的基因表达数据

使用SMART-Seq v4试剂盒（SSv4_1-SSv4_12）和SMART-Seq HT试剂盒（ HT_1-HT_9）（上图）从21个293T细胞单细胞制备文库，并对每个细胞获得的基因表达性进行评估。层次聚类热图展示了所有细胞之间的Euclidean distances，并显示从0.74到0.97的Pearson相关性。不仅用相同试剂盒制备的细胞之间可以观察到非常高的相关性，而在两种试剂盒之间的相关性也非常高。这些数据表明，SMART-Seq HT的工作流程与SMART-Seq v4相比，在基因表达分析中没有显著的偏差。

■ SS-HT PLUS Kit：不只是一个Kit，更是完整的单细胞RNA-Seq建库体验！

为了使单细胞cDNA合成、文库构建实验“一步”到位，我们全新推出了SS-HT PLUS Kit。

从高灵敏度、高重复性的cDNA合成出发，构建更高品质illumina文库

Takara科学家从10 pg小鼠脑total RNA起始，采用SMART-Seq HT Kit完成cDNA合成。随后分别使用SS-HT Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模块与市面上较常用的A公司试剂盒构建文库，并比较性能差异。

(比较数据来源于Takara Bio USA, Inc.)

从测试数据中可以看出，SS-HT PLUS Kit所建文库的产量是A公司Kit产量的5倍，而更高的文库产量更适于高通量型Illumina测序仪，如Novaseq。

两种方法所建文库随后用Nextseq 500完成测序，并对TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因数进行统计。SS-HT PLUS文库能比A公司文库多检出10%的基因，从同样的cDNA起始能“捕获”更全的信息！

产品详情请点击：

更多实验数据：

SS-HT Kit

SS-HT Plus Kit

延伸阅读：

单细胞NGS解决方案

单细胞水平人T细胞受体分析酶试剂盒Takara Clontech

发表于2022年8月21日由上海金畔生物科技有限公司

上海金畔生物科技有限公司代理Takara Clontech酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

单细胞水平人T细胞受体分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634431	SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit	96 Rxns	￥48,426
Clontech	634432	SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit	480 Rxns	￥149,865

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SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit—
阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta 链配对

· 工作流程灵活—可以利用FACS（流式细胞术）或手动分选细胞构建 Illumina测序文库
· 易于使用—优化的index允许将96个细胞混合制成12个文库，
并可以进一步混合在一个flow-cell lane中测序
· 灵敏度高—基于RACE方法可以检测低丰度TCR变异体
· 特异性好—完整reads，大部分reads可以比对到目标区域，提供准确链配对信息

尽管批量T细胞测序有助于进一步了解T细胞受体库（TCR）多样性，但是批量测序不能确定T细胞群内特定的alpha-beta 受体链配对信息。由于特定的TCR alpha-beta链配对介导抗原特异性，获得配对信息对于深入了解抗原识别，靶向免疫治疗TCR的有效设计至关重要，也有助于确立T细胞群的祖先关系。单个T细胞测序可以确定特定细胞的配对信息，但是价格可能非常昂贵并涉及复杂的分析，因为大部分方法需要对大量的细胞测序。

使用SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit可以解决这些问题，在SMART cDNA Synthesis中通过采用一系列indexed oligo可以将手动或FACS分选的96个样品制成12个测序pool，并且这12个pool可以进一步混合，这样所有的96个样品可以在一个flow-cell lane 中测序。与用于大量样品测序的SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit 一样，试剂采用了SMART cDNA synthesis和RACE方法，通过进一步的TCR基因特异性PCR完整捕获和扩增TCR-alpha 和TCR-beta可变区构建Illumina测序文库，为TCR测序提供了一种高灵敏度的方法。

如果您需要软件对采用本试剂盒构建文库测序获得的数据进行demultiplex分析，请登录SMARTer Human scTCR Demultiplexer。

图1. 在单细胞水平进行T细胞研究的优势。

Panel A. T细胞受体alpha链 (TCR-α) 和beta链组成示意图。 Panel B. 示意了难以从批量细胞测序数据中获得alpha链 (TCR-α) 和beta链配对信息。针对稀有克隆型可以分析部分细胞中的配对信息（橙色克隆型），但是对于高表达的克隆型(TCRA V2J1, TCRA V2J2, TCRB V3D1J1, TCRB V2D1J2)可能有4种配对组合。

图2. SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit技术流程及pooling策略。

Panel A. 第一链cDNA合成由dT引物（RT引物）起始，MMLV型逆转录酶（RT）会在mRNA 5’端添加几个非模板核苷酸。SMART-Seq Indexed Oligos与这几个非模板核苷酸互补结合作为模板，通过RT在第一链cDNA末端添加额外核苷酸序列（也就是模板转换步骤）。试剂盒中提供8种不同的SMART-Seq Indexed Oligo，每一个SMART-Seq Indexed Oligo中内嵌唯一的六碱基index作为细胞barcode，用于下游pooling细胞的识别。通过RT添加到cDNA末端的额外序列-被称为“SMART sequence”-作为接下来几轮PCR扩增的引物结合位点，确保只有来自于全长cDNA的序列才能被扩增。经过pool（Panel B所示）和纯化后，通过连续两轮基因特异性PCR扩增来自于TCR-α 和/或 TCR-β可变区的cDNA序列。第一轮PCR采用扩增过的双链cDNA为模板，正向引物与SMART sequence互补，同时包含Illumina Read 2序列（TCR Primer 1），反向引物与TCR-α和TCR-β的恒定区（即不变区）互补（TCR a/b Human Primer 1）。第二轮PCR以第一轮PCR产物为模板，采用的正向引物与第一轮PCR添加的Read 2 序列互补。反向引物与恒定区结合，位于PCR1 primers内侧 (TCR a/b Human Primer 2 Reverse HT Index)，扩增TCR-α和TCR-β cDNA的完整可变区及部分恒定区。正向引物和反向引物包含适用于Illumina测序平台的接头序列和index，可以将多达96个样品混合用于在一个flow-cell lane中测序。Panel B. 按列混合样品，这样每个pool中包含8个细胞，每个细胞带有不同index的SMART-Seq Indexed Oligo 。在PCR 2中通过正向和反向HT indexes的不同组合使用，可以将多样品进一步混合在一个flow-cell lane 中测序（更多信息参见User Manual）。

图3. 96孔板中混合细胞群的分析。

Panel A. 基于鉴别每孔的克隆型确定细胞种类。遗漏的7个细胞没能通过对高于阈值的TCR-α 或TCR-β的reads数分析确定克隆型。Panel B. 配对信息分析。分析获得了平板中34个细胞的TCR-αβ配对克隆型。Panel C. 以百分比展示了分析细胞的alpha，beta，或alpha-beta配对信息。遗漏的细胞没有包括在分析数据中。