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自动化高通量的单细胞全长转录组分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	640222	SMART-Seq® ICELL8® cx Application Kit – 1 Chip	1 Rxn	询价
Clontech	640019	ICELL8® 350v Chip	1 Chip	询价
Clontech	640212	ICELL8® Collection Kit – L	1 Pkg	询价
Clontech	640206	ICELL8® Loading Kit – B	1 Pkg	询价
Clontech	640205	SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set – A	1 Chip	询价
Clontech	640218	SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set – B	1 Chip	询价
Clontech	640202	SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit	1 Chip	询价
Clontech	640203	SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit	3 Chip	询价
Clontech	640204	SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit	5 Chip	询价
Clontech	640192	ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack)	Each	询价

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高通量、高品质、更便捷的单细胞全长转录组分析解决方案

· 高通量单细胞分析：同时生成上千单细胞测序数据 · 样品灵活性高：一次试验可同时对8个不同样品进行单细胞分析 · 更少样品处理：自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及样品收集，偏差更小 · 兼容Illumina测序平台：构建的文库支持Illumina平台测序   ■ 应用领域 · 适用于Illumina平台的高通量、全长单细胞RNA-Seq文库的制备   ■ 产品说明 转录本全长序列可以提供基因差异表达、基因融合以及可变剪切等高灵敏度分析。Takara的高通量单细胞全长转录组解决方案整合了SMART-Seq试剂，灵敏度更高。经过ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188）进行单细胞分选后，可获得＞1,000个单细胞全长转录组信息。该实验流程支持在ICELL8芯片上直接进行cDNA扩增，同时引入Illumina特异接头序列，获得含Index的文库可直接用于Illumina平台测序。 ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188）能够将细胞分注到含5,184个纳米孔的空白ICELL8 350v芯片（Code No. 640019）中，完成单细胞的分离。使用CellSelect软件鉴定出含有“活的单细胞”的微孔。接着，SMART RT-PCR试剂被分注到选中的“活的单细胞”微孔中，然后将芯片转移至ICELL8 Chip Cycler中进行反应。在单次反应中，通过一步法RT-PCR完成cDNA第一链的合成与扩增。得到的全长cDNA直接在芯片上使用TED1（Illumina Tagment DNA Enzyme）进行片段化处理，片段化的cDNA 再通过正向和反向的Index引物（Code No. 640205、640218）进行扩增。包含了全长信息的扩增产物从芯片中混合收集，经纯化、扩增后即可获得测序用文库。   ■ 产品组分 完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考对应的User Manual得到一份完整的试剂耗材清单： 用于ICELL8 cx Single-Cell System · SMART-Seq ICELL8 cx Application Kit-1 Chip (Code No. 640222)* · ICELL8 384-Well Source Plate and seal (5/pack) (Code No. 640192) User Manual：SMART-Seq® ICELL8® cx Application Kit User Manual * SMART-Seq ICELL8 cx Application Kit-1 Chip 包含以下五种制品，640019、640212、640206、640202、640205。640222包装量对应1张芯片用量。如实验中需要使用多张芯片，各制品可单独加购 · ICELL8 350v Chip (Code No. 640019) · ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212) · ICELL8 Loading Kit-B (Code No. 640206) · SMART-Seq ICELL8 Reagent Kit（Code No. 640202) · SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set-A (Code No. 640205)   图1 ICELL8 cx单细胞全长转录组测序文库制备工作流程   图2. 代表性样品的转录本覆盖度评价将人类基因组编码的不同转录本进行长度均一化。选取两个分选的K562细胞，将两个细胞中，比对到的reads覆盖度情况沿均一化后的转录本方向（5’→3’）绘制成曲线图（均一化转录本上5’→3’的位置信息由X轴上的百分数表示）。Y轴上，沿均一化转录本方向，将覆盖度相对于观察到的最大覆盖度进行均一化，由0-1范围表示。   图3. 基因表达检测的重复性评价 为评价使用ICELL8单细胞分选系统制备全长转录组文库的测序数据重复性，对鉴定到的所有转录本进行基因表达检测。所有单细胞文库基因表达检测结果的Pearson相关性如热图所示。   Technote： 点击图片查看     产品详情请点击：

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自动化高通量的单细胞全长转录组分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	640219	SMART-Seq® ICELL8® Application Kit – 1 Chip	1 Rxn	询价
Clontech	640183	ICELL8® 250v Chip	1 Chip	询价
Clontech	640202	SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit	1 Chip	询价
Clontech	640203	SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit	3 Chips	询价
Clontech	640204	SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit	5 Chips	询价
Clontech	640205	SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set – A	1 Chip	询价
Clontech	640218	SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set – B	1 Chip	询价
Clontech	640212	ICELL8® Collection Kit – L	1 Pkg	询价
Clontech	640206	ICELL8® Loading Kit – B	1 Pkg	询价
Clontech	640048	ICELL8® Collection Kit	1 Pkg	询价
Clontech	640192	ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack)	Each	询价

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SMART-Seq技术助力ICELL8 cx系统单细胞全长转录组分析方案

全长序列覆盖可以实现对整个转录的差异表达分析，并且可以对基因融合、剪接体这类生物标志物进行检测。高灵敏度的SMART-Seq Pro可以胜任以上分析需求。 SMART-Seq Pro Application Kit将SMART-Seq试剂与ICELL8 cx Single-Cell System（Cat No. 640188）相结合，并整合了生物信息学工具，提供一套端到端的单细胞全长转录组分析流程，一次实验可以对1,200~1,500个分离的单细胞进行高效的全长转录组分析。 通过ICELL8 cx系统将细胞分注到ICELL8 350v Chip（Cat No. 640019）空白微孔芯片中。使用ICELL8 cx CellSelect Software鉴定出含单个细胞的微孔，文库构建试剂只被分注到这些选中的微孔中。经过一系列分注和扩增步骤后，获得无偏倚的全长cDNA，并通过Illumina Bead-Linked Transposome（BLT）完成酶切片段化。在这一扩展性的工作流程中，cDNA扩增阶段引入了Illumina特异性接头序列，生成的文库已连接index接头，可直接用于Illumina测序平台。测序过程结束后，获得的测序数据可直接导入Cogent NGS软件工具进行生物信息学分析，解释测序结果。

NOTE：旧版本SMART-Seq Application Kit（Cat No. 640222）依然可以购买。

更多孔板测序应用，请参见 单细胞RNA-Seq / DNA-Seq

■ 概述

· 端到端的解决方案：从文库制备到测序数据分析工具 · 覆盖全长mRNA：捕获转录组中“深藏”的关键生物标志物，如基因融合、剪接异构体 · 高通量单细胞分析：可以平行地从＞1,000个单细胞中生成测序数据 · 样品配置灵活：一次实验最多可对八种细胞样品进行分析 · 减少样品操作：减小数据波动，构建测序文库前自动鉴定并分选出感兴趣的细胞，仅对这些细胞进行试剂分注 · Illumina平台测序文库：制备的测序文库适用于Illumina全系平台

■应用

用于Illumina平台上高通量全长单细胞转录组测序文库制备

图1. SMART-Seq Pro和Smart-seq2在PBMCs中基因检测结果比较

Technote： 点击图片查看

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自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	640200	ICELL8® cx TCR Chip	1 Chip	询价
Clontech	640179	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	1 Chip	询价
Clontech	640180	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	5 Chips	询价
Clontech	640181	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	10 Chips	询价
Clontech	640182	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit	Each	询价
Clontech	640212	ICELL8® Collection Kit – L	1 Pkg	询价
Clontech	640197	ICELL8® cx Loading Kit	1 Pkg	询价
Clontech	640192	ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack)	Each	询价

高通量地阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta链多样性

· 灵敏性更高：基于RACE技术保证低丰度TCR变体的检出 · 特异性更强：获得全长reads，目的reads占比高，更正确的配对信息 · 5’端捕获测序差异表达分析：通过比对5’末端信息，产生所有转录本差异表达数据 · 灵活、高通量的单细胞分析：单次实验同时分析8个样品，生成上千单细胞的测序数据   ■ 应用领域 · 人单细胞TCR库分析（TCRα和TCRβ克隆型） · 5’端差异表达分析   ■ 产品说明 Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案应用SMART技术(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法，用于捕获由ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188）分选得到的上千“活的单细胞”的TCR转录本完整V(D)J可变区域。产生的文库可同时提供α链和β链的多样性信息。 实验流程中，cDNA扩增阶段整合了Illumina特异的接头序列，产生的文库带有index接头，可直接用于Illumina平台测序。Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案也可以同时支持5’末端差异表达分析。 在ICELL8 cx单细胞分选系统上，与单个T细胞一起被分注到TCR芯片（Code No. 640200）上的还有阳性对照和阴性对照。每个TCR芯片含有5,184个纳升级微孔，预制了1,728种Barcode，每个Barcode在芯片上被预制3次。使用CellSelect软件鉴定出具有“活的单细胞”微孔后，SMART RT-PCR试剂将被分注到含“活单细胞”的微孔中，用于后续分析。连接了Barcode序列的cDNA继续在微孔芯片上完成PCR扩增。接下来，从芯片中将连接好Barcode序列的扩增产物集中收集，并进行纯化。纯化后的cDNA作为第一轮TCR特异性PCR的模板，而第一轮TCR特异性PCR的产物作为第二轮TCR特异性PCR的模板，并整合Illumina index序列引物。   ■ 产品组分 完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考User Manual得到一份完整的试剂耗材清单： 用于ICELL8 cx Single-Cell System · ICELL8 cx TCR Chip (Code No. 640200) · ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182) · ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)* · ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212) · ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197) User Manual：ICELL8® cx Human TCR a/b Profiling user Manual *NOTE：Code No. 640179包含的Primer量足够1张芯片使用，若实验中需要使用多张芯片，请购买合适的indexing primer set。640180适用于5张芯片的实验，640181适用于10张芯片的实验。   图1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技术原理流程图   图2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling实验流程图   使用ICELL8单细胞分选系统对T细胞和PBMCs样品进行单细胞分选及后续单细胞TCR克隆型分析（图3）和5’端差异表达分析（图4）。 图3. T细胞与PBMCs的克隆型read计数 使用Excel对MiXCR软件输出结果进行筛选，为大于阴性对照（1X PBS）的TCRa和TCRb克隆类型定义一个read阈值（绿色实线为阈值线，对应read计数值为8）。数据使用统计软件JMP进行分析，并将结果绘制成箱图。图中点代表一个细胞中的TCRa（蓝色）和TCRb（红色）克隆型。阴性对照用于阈值设定，以便对分析样品和NTC（或低read克隆型）进行区分。Negative control 15个，Positive control 15个，T cells 530个，PBMCs 590个。   点击查看Technote   图4. T细胞与PBMCs的5’端差异表达分析 使用与图3相同来源的cDNA进行单细胞5’端差异表文库构建，评估每个Barcode获得的reads数。箱图中每个点代表一个指定细胞中检测到的reads数。文库测序由NextSeq® 550测序平台完成，每个细胞产生平均30K reads。在PBMCs和T细胞中平均检测到～1,150个基因。Negative control 15个，Positive control 15个，T cells 530个，PBMCs 590个。   点击查看Technote   ■ 参考文献 Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020)     产品详情请点击：   视频资料:《ICELL8系统T细胞受体测序（TCR-Seq）解决方案》

上海金畔生物科技有限公司代理Takara Clontech酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	640200	ICELL8® cx TCR Chip	1 Chip	询价
Clontech	640179	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	1 Chip	询价
Clontech	640180	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	5 Chips	询价
Clontech	640181	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set	10 Chips	询价
Clontech	640182	SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit	Each	询价
Clontech	640212	ICELL8® Collection Kit – L	1 Pkg	询价
Clontech	640197	ICELL8® cx Loading Kit	1 Pkg	询价
Clontech	640192	ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack)	Each	询价

高通量地阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta链多样性

· 灵敏性更高：基于RACE技术保证低丰度TCR变体的检出 · 特异性更强：获得全长reads，目的reads占比高，更正确的配对信息 · 5’端捕获测序差异表达分析：通过比对5’末端信息，产生所有转录本差异表达数据 · 灵活、高通量的单细胞分析：单次实验同时分析8个样品，生成上千单细胞的测序数据   ■ 应用领域 · 人单细胞TCR库分析（TCRα和TCRβ克隆型） · 5’端差异表达分析   ■ 产品说明 Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案应用SMART技术(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法，用于捕获由ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188）分选得到的上千“活的单细胞”的TCR转录本完整V(D)J可变区域。产生的文库可同时提供α链和β链的多样性信息。 实验流程中，cDNA扩增阶段整合了Illumina特异的接头序列，产生的文库带有index接头，可直接用于Illumina平台测序。Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案也可以同时支持5’末端差异表达分析。 在ICELL8 cx单细胞分选系统上，与单个T细胞一起被分注到TCR芯片（Code No. 640200）上的还有阳性对照和阴性对照。每个TCR芯片含有5,184个纳升级微孔，预制了1,728种Barcode，每个Barcode在芯片上被预制3次。使用CellSelect软件鉴定出具有“活的单细胞”微孔后，SMART RT-PCR试剂将被分注到含“活单细胞”的微孔中，用于后续分析。连接了Barcode序列的cDNA继续在微孔芯片上完成PCR扩增。接下来，从芯片中将连接好Barcode序列的扩增产物集中收集，并进行纯化。纯化后的cDNA作为第一轮TCR特异性PCR的模板，而第一轮TCR特异性PCR的产物作为第二轮TCR特异性PCR的模板，并整合Illumina index序列引物。   ■ 产品组分 完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考User Manual得到一份完整的试剂耗材清单： 用于ICELL8 cx Single-Cell System · ICELL8 cx TCR Chip (Code No. 640200) · ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182) · ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)* · ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212) · ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197) User Manual：ICELL8® cx Human TCR a/b Profiling user Manual *NOTE：Code No. 640179包含的Primer量足够1张芯片使用，若实验中需要使用多张芯片，请购买合适的indexing primer set。640180适用于5张芯片的实验，640181适用于10张芯片的实验。   图1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技术原理流程图   图2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling实验流程图   使用ICELL8单细胞分选系统对T细胞和PBMCs样品进行单细胞分选及后续单细胞TCR克隆型分析（图3）和5’端差异表达分析（图4）。 图3. T细胞与PBMCs的克隆型read计数 使用Excel对MiXCR软件输出结果进行筛选，为大于阴性对照（1X PBS）的TCRa和TCRb克隆类型定义一个read阈值（绿色实线为阈值线，对应read计数值为8）。数据使用统计软件JMP进行分析，并将结果绘制成箱图。图中点代表一个细胞中的TCRa（蓝色）和TCRb（红色）克隆型。阴性对照用于阈值设定，以便对分析样品和NTC（或低read克隆型）进行区分。Negative control 15个，Positive control 15个，T cells 530个，PBMCs 590个。   点击查看Technote   图4. T细胞与PBMCs的5’端差异表达分析 使用与图3相同来源的cDNA进行单细胞5’端差异表文库构建，评估每个Barcode获得的reads数。箱图中每个点代表一个指定细胞中检测到的reads数。文库测序由NextSeq® 550测序平台完成，每个细胞产生平均30K reads。在PBMCs和T细胞中平均检测到～1,150个基因。Negative control 15个，Positive control 15个，T cells 530个，PBMCs 590个。   点击查看Technote   ■ 参考文献 Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020)     产品详情请点击：   视频资料:《ICELL8系统T细胞受体测序（TCR-Seq）解决方案》