自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析酶试剂盒Takara Clontech

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自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640178 ICELL8® TCR Chip 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640179 ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640180 ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 5 Chips 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640181 ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 10 Chips 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640182 ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit Each 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640048 ICELL8® Collection Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640109 ICELL8® Loading Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
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高通量地阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta链多样性
· 灵敏性更高:基于RACE技术保证低丰度TCR变体的检出
· 特异性更强:获得全长reads,目的reads占比高,更正确的配对信息
· 5’端捕获测序差异表达分析:通过比对5’末端信息,产生所有转录本差异表达数据
· 灵活、高通量的单细胞分析:单次实验同时分析8个样品,生成上千单细胞的测序数据
 
■ 应用领域
· 人单细胞TCR库分析(TCRα和TCRβ克隆型)
· 5’端差异表达分析
 
■ 产品说明
Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案应用SMART技术(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法,用于捕获由ICELL8 Single-Cell Sytem分选得到的上千“活的单细胞”的TCR转录本完整V(D)J可变区域。产生的文库可同时提供α链和β链的多样性信息。
实验流程中,cDNA扩增阶段整合了Illumina特异的接头序列,产生的文库带有index接头,可直接用于Illumina平台测序。Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案也可以同时支持5’末端差异表达分析。
在ICELL8单细胞分选系统中,与单个T细胞一起被分注到TCR芯片(Code No. 640178)上的还有阳性对照和阴性对照。每个TCR芯片含有5,184个纳升级微孔,预制了1,728种Barcode,每个Barcode在芯片上被预制3次。使用CellSelect软件鉴定出具有“活的单细胞”微孔后,SMART RT-PCR试剂将被分注到含“活单细胞”的微孔中,用于后续分析。连接了Barcode序列的cDNA继续在微孔芯片上完成PCR扩增。接下来,从芯片中将连接好Barcode序列的扩增产物集中收集,并进行纯化。纯化后的cDNA作为第一轮TCR特异性PCR的模板,而第一轮TCR特异性PCR的产物作为第二轮TCR特异性PCR的模板,并整合Illumina index序列引物。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 Single-Cell System
· ICELL8 TCR Chip (Code No. 640178)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)*
· ICELL8 Collection Kit (Code No. 640048)
· ICELL8 Loading Kit (Code No. 640109)
User Manual:ICELL8® Human TCR a/b Profiling User Manual
*NOTE:Code No. 640179包含的Primer量足够1张芯片使用,若实验中需要使用多张芯片,请购买合适的indexing primer set。640180适用于5张芯片的实验,640181适用于10张芯片的实验。
 
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技术原理流程图
 
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling实验流程图
 
 
■ 参考文献
Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020)
 
 
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自动化高通量的单细胞差异表达分析酶试剂盒Takara Clontech

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自动化高通量的单细胞差异表达分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640199 ICELL8® cx 3’DE Chip 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640167 ICELL8 3’DE Reagent Kit 1 Rxn 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit – L 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640197 ICELL8® cx Loading Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
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高通量、高品质、更经济的单细胞3’端转录组分析解决方案
· 高通量单细胞分析:同时生成上千单细胞测序数据
· 样品灵活性高:一次实验可同时对8个不同样品进行单细胞分析
· mRNA 3’端捕获测序:mRNA 3’端捕获测序差异表达分析所需reads数更少
· 减少样品处理操作:自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及混样,偏差更小
· 兼容illumina平台:构建的文库支持illumina平台测序
 
■ 产品说明
通过结合Takara Bio单细胞RNA-Seq文库构建的技术优势及ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 640188) 单细胞分选的优良性能,ICELL8 3’DE Reagent Kit 实验流程能够一次制备最多八个不同样品的I llumina测序文库,可高通量地分析单细胞基因表达差异。
样品细胞经过染色、稀释,使用ICELL8 cx单细胞分选系统将其分注到微孔芯片ICELL8 cx 3’DE Chip(Code No. 640199)中。微孔芯片表面排布5,184个纳升微孔,并预先固相化了Barcodes。通过单细胞分选系统的成像功能和配套的CellSelect软件,含有活单细胞的微孔将被挑选出来,并添加RT-PCR试剂,在芯片中完成cDNA合成与扩增。从芯片中将DNA产物混合收集,使用基于转座酶的方法富集mRNA 3’ 端来源的cDNA,随后通过PCR扩增整合入Illumina index序列。
通过每个微孔特异的Barcode序列,能从最终的文库测序数据中回溯每个活的单细胞来源的数据,并可基于mRNA 3’ 端计数 ,进行差异基因表达分析。配合ICELL8 cx单细胞分选系统,ICELL8 3’DE Reagent Kit为高通量单细胞差异表达分析提供了高效、经济的解决方案,一次实验即可从上千个活的单细胞获得高质量3’ 端测序数据。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。同时,请参考对应的User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx 3’DE Chip (Code No. 640199)
· ICELL8 3’DE Reagent Kit(Code No. 640167)
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
· ICELL8 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) (Code No. 640192)
User Manual:ICELL8® cx 3’DE User Manual
 
自动化高通量的单细胞差异表达分析
图1 ICELL8 3’DE Reagent Kit工作流程
 
自动化高通量的单细胞差异表达分析
图2 选取iPS细胞分化至心肌细胞过程中的四个时间点(Day1/3/9/21),用 ICELL8 Single-Cell System进行单细胞高通量3’末端转录组分析,共获得约1,000个活的单细胞,平均每个细胞超过120,000 reads,测得1,200个基因(最大为750,000 reads,测得4,500个基因);tSNE分析结果可以看出不同分化阶段的细胞存在明显的基因表达差异。
 
自动化高通量的单细胞差异表达分析
图3 细胞特异性基因表达变化 随着分化的进行,iPS细胞特异性基因的表达数量减少,而心肌细胞特异性基因的表达数量增加。
 
Technote:
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自动化高通量的单细胞差异表达分析
 
参考文献
1. Ren, Z. et al. Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Principles in Pathological Cardiac Hypertrophy. Circulation, 141, 1704–1719 (2020)
2. Wang, L. et al. Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function. Nat. Cell Biol. 22, 108–119 (2020)
3. Krieger, T. G., et al. Modeling Glioblastoma Invasion Using Human Brain Organoids and Single-Cell Transcriptomics. Neuro-Oncology, 22, 1138–1149 (2020)
4. Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019)
 
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自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
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Clontech 640200 ICELL8® cx TCR Chip 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640179 SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640180 SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 5 Chips 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640181 SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling – Indexing Primer Set 10 Chips 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640182 SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit Each 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit – L 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640197 ICELL8® cx Loading Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析 自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
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高通量地阐明单细胞中T细胞受体Alpha-Beta链多样性
· 灵敏性更高:基于RACE技术保证低丰度TCR变体的检出
· 特异性更强:获得全长reads,目的reads占比高,更正确的配对信息
· 5’端捕获测序差异表达分析:通过比对5’末端信息,产生所有转录本差异表达数据
· 灵活、高通量的单细胞分析:单次实验同时分析8个样品,生成上千单细胞的测序数据
 
■ 应用领域
· 人单细胞TCR库分析(TCRα和TCRβ克隆型)
· 5’端差异表达分析
 
■ 产品说明
Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案应用SMART技术(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)和基于5’RACE的方法,用于捕获由ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 640188)分选得到的上千“活的单细胞”的TCR转录本完整V(D)J可变区域。产生的文库可同时提供α链和β链的多样性信息。
实验流程中,cDNA扩增阶段整合了Illumina特异的接头序列,产生的文库带有index接头,可直接用于Illumina平台测序。Takara Bio高通量TCR免疫组库解决方案也可以同时支持5’末端差异表达分析。
ICELL8 cx单细胞分选系统上,与单个T细胞一起被分注到TCR芯片(Code No. 640200)上的还有阳性对照和阴性对照。每个TCR芯片含有5,184个纳升级微孔,预制了1,728种Barcode,每个Barcode在芯片上被预制3次。使用CellSelect软件鉴定出具有“活的单细胞”微孔后,SMART RT-PCR试剂将被分注到含“活单细胞”的微孔中,用于后续分析。连接了Barcode序列的cDNA继续在微孔芯片上完成PCR扩增。接下来,从芯片中将连接好Barcode序列的扩增产物集中收集,并进行纯化。纯化后的cDNA作为第一轮TCR特异性PCR的模板,而第一轮TCR特异性PCR的产物作为第二轮TCR特异性PCR的模板,并整合Illumina index序列引物。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。请参考User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx TCR Chip (Code No. 640200)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit (Code No. 640182)
· ICELL8 Human TCR a/b Profiling Indexing Primer Set (Code No. 640179, 640180, 640181)*
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
User Manual:ICELL8® cx Human TCR a/b Profiling user Manual
*NOTE:Code No. 640179包含的Primer量足够1张芯片使用,若实验中需要使用多张芯片,请购买合适的indexing primer set。640180适用于5张芯片的实验,640181适用于10张芯片的实验。
 
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图1 ICELL8 Human TCR a/b Profiling技术原理流程图
 
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图2 ICELL8 Human TCR a/b Profiling实验流程图
 
使用ICELL8单细胞分选系统对T细胞和PBMCs样品进行单细胞分选及后续单细胞TCR克隆型分析(图3)和5’端差异表达分析(图4)。
自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图3. T细胞与PBMCs的克隆型read计数 使用Excel对MiXCR软件输出结果进行筛选,为大于阴性对照(1X PBS)的TCRa和TCRb克隆类型定义一个read阈值(绿色实线为阈值线,对应read计数值为8)。数据使用统计软件JMP进行分析,并将结果绘制成箱图。图中点代表一个细胞中的TCRa(蓝色)和TCRb(红色)克隆型。阴性对照用于阈值设定,以便对分析样品和NTC(或低read克隆型)进行区分。Negative control 15个,Positive control 15个,T cells 530个,PBMCs 590个。
 
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自动化高通量的单细胞人T细胞受体分析
图4. T细胞与PBMCs的5’端差异表达分析 使用与图3相同来源的cDNA进行单细胞5’端差异表文库构建,评估每个Barcode获得的reads数。箱图中每个点代表一个指定细胞中检测到的reads数。文库测序由NextSeq® 550测序平台完成,每个细胞产生平均30K reads。在PBMCs和T细胞中平均检测到~1,150个基因。Negative control 15个,Positive control 15个,T cells 530个,PBMCs 590个。
 
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■ 参考文献
Litjens, Nicolle H. R., et al. Validation of a combined transcriptome and T cell receptor Alpha/Beta (TRA/TRB) repertoire assay at the single cell level for paucicellular samples. Front. Immunol., 11, (2020)
 
 
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视频资料:《ICELL8系统T细胞受体测序(TCR-Seq)解决方案》
 

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自动化高通量的单细胞差异表达分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640199 ICELL8® cx 3’DE Chip 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640167 ICELL8 3’DE Reagent Kit 1 Rxn 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit – L 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640197 ICELL8® cx Loading Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
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高通量、高品质、更经济的单细胞3’端转录组分析解决方案
· 高通量单细胞分析:同时生成上千单细胞测序数据
· 样品灵活性高:一次实验可同时对8个不同样品进行单细胞分析
· mRNA 3’端捕获测序:mRNA 3’端捕获测序差异表达分析所需reads数更少
· 减少样品处理操作:自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及混样,偏差更小
· 兼容illumina平台:构建的文库支持illumina平台测序
 
■ 产品说明
通过结合Takara Bio单细胞RNA-Seq文库构建的技术优势及ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 640188) 单细胞分选的优良性能,ICELL8 3’DE Reagent Kit 实验流程能够一次制备最多八个不同样品的I llumina测序文库,可高通量地分析单细胞基因表达差异。
样品细胞经过染色、稀释,使用ICELL8 cx单细胞分选系统将其分注到微孔芯片ICELL8 cx 3’DE Chip(Code No. 640199)中。微孔芯片表面排布5,184个纳升微孔,并预先固相化了Barcodes。通过单细胞分选系统的成像功能和配套的CellSelect软件,含有活单细胞的微孔将被挑选出来,并添加RT-PCR试剂,在芯片中完成cDNA合成与扩增。从芯片中将DNA产物混合收集,使用基于转座酶的方法富集mRNA 3’ 端来源的cDNA,随后通过PCR扩增整合入Illumina index序列。
通过每个微孔特异的Barcode序列,能从最终的文库测序数据中回溯每个活的单细胞来源的数据,并可基于mRNA 3’ 端计数 ,进行差异基因表达分析。配合ICELL8 cx单细胞分选系统,ICELL8 3’DE Reagent Kit为高通量单细胞差异表达分析提供了高效、经济的解决方案,一次实验即可从上千个活的单细胞获得高质量3’ 端测序数据。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。同时,请参考对应的User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx 3’DE Chip (Code No. 640199)
· ICELL8 3’DE Reagent Kit(Code No. 640167)
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
· ICELL8 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) (Code No. 640192)
User Manual:ICELL8® cx 3’DE User Manual
 
自动化高通量的单细胞差异表达分析
图1 ICELL8 3’DE Reagent Kit工作流程
 
自动化高通量的单细胞差异表达分析
图2 选取iPS细胞分化至心肌细胞过程中的四个时间点(Day1/3/9/21),用 ICELL8 Single-Cell System进行单细胞高通量3’末端转录组分析,共获得约1,000个活的单细胞,平均每个细胞超过120,000 reads,测得1,200个基因(最大为750,000 reads,测得4,500个基因);tSNE分析结果可以看出不同分化阶段的细胞存在明显的基因表达差异。
 
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图3 细胞特异性基因表达变化 随着分化的进行,iPS细胞特异性基因的表达数量减少,而心肌细胞特异性基因的表达数量增加。
 
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参考文献
1. Ren, Z. et al. Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Principles in Pathological Cardiac Hypertrophy. Circulation, 141, 1704–1719 (2020)
2. Wang, L. et al. Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function. Nat. Cell Biol. 22, 108–119 (2020)
3. Krieger, T. G., et al. Modeling Glioblastoma Invasion Using Human Brain Organoids and Single-Cell Transcriptomics. Neuro-Oncology, 22, 1138–1149 (2020)
4. Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019)
 
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自动化高通量的单细胞差异表达分析酶试剂盒Takara Clontech

上海金畔生物科技有限公司代理Takara Clontech酶试剂盒全线产品,欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

自动化高通量的单细胞差异表达分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech 640164 ICELL8® Chip and Reagent 3’DE Kit 1 Rxn 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640165 ICELL8® Chip and Reagent 3’DE Kit 3 Rxns 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640166 ICELL8® Chip and Reagent 3’DE Kit 5 Rxns 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640167 ICELL8® 3’DE Reagent Kit 1 Rxn 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640143 ICELL8® 3’DE Chip 1 Chip 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640048 ICELL8® Collection Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640109 ICELL8® Loading Kit 1 Pkg 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640005 ICELL8® 3’DE for UMI Reagent Kit 1 Rxn 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 询价 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析 自动化高通量的单细胞差异表达分析
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高通量、高品质、更经济的单细胞3’端转录组分析解决方案
· 高通量单细胞分析:同时生成上千单细胞测序数据
· 样品灵活性高:一次实验可同时对8个不同样品进行单细胞分析
· mRNA 3’端捕获测序:mRNA 3’端捕获测序差异表达分析所需reads数更少
· 减少样品处理操作:自动完成文库构建前的细胞分离、挑选及混样,偏差更小
· 兼容illumina平台:构建的文库支持illumina平台测序
 
■ 产品说明
通过结合Takara Bio单细胞RNA-Seq文库构建的技术优势及ICELL8 cx Single-Cell System(Code No. 640188) 单细胞分选的优良性能,ICELL8 3’DE Reagent Kit 实验流程能够一次制备最多八个不同样品的I llumina测序文库,可高通量地分析单细胞基因表达差异。
样品细胞经过染色、稀释,使用ICELL8 cx单细胞分选系统将其分注到微孔芯片ICELL8 cx 3’DE Chip(Code No. 640199)中。微孔芯片表面排布5,184个纳升微孔,并预先固相化了Barcodes。通过单细胞分选系统的成像功能和配套的CellSelect软件,含有活单细胞的微孔将被挑选出来,并添加RT-PCR试剂,在芯片中完成cDNA合成与扩增。从芯片中将DNA产物混合收集,使用基于转座酶的方法富集mRNA 3’ 端来源的cDNA,随后通过PCR扩增整合入Illumina index序列。
通过每个微孔特异的Barcode序列,能从最终的文库测序数据中回溯每个活的单细胞来源的数据,并可基于mRNA 3’ 端计数 ,进行差异基因表达分析。配合ICELL8 cx单细胞分选系统,ICELL8 3’DE Reagent Kit为高通量单细胞差异表达分析提供了高效、经济的解决方案,一次实验即可从上千个活的单细胞获得高质量3’ 端测序数据。
 
■ 产品组分
完整的工作流程需要下列Takara Bio产品。同时,请参考对应的User Manual得到一份完整的试剂耗材清单:
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx 3’DE Chip (Code No. 640199)
· ICELL8 3’DE Reagent Kit(Code No. 640167)
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
· ICELL8 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) (Code No. 640192)
User Manual:ICELL8® cx 3’DE User Manual
 
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图1 ICELL8 3’DE Reagent Kit工作流程
 
自动化高通量的单细胞差异表达分析
图2 选取iPS细胞分化至心肌细胞过程中的四个时间点(Day1/3/9/21),用 ICELL8 Single-Cell System进行单细胞高通量3’末端转录组分析,共获得约1,000个活的单细胞,平均每个细胞超过120,000 reads,测得1,200个基因(最大为750,000 reads,测得4,500个基因);tSNE分析结果可以看出不同分化阶段的细胞存在明显的基因表达差异。
 
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图3 细胞特异性基因表达变化 随着分化的进行,iPS细胞特异性基因的表达数量减少,而心肌细胞特异性基因的表达数量增加。
 
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参考文献
1. Ren, Z. et al. Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Principles in Pathological Cardiac Hypertrophy. Circulation, 141, 1704–1719 (2020)
2. Wang, L. et al. Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function. Nat. Cell Biol. 22, 108–119 (2020)
3. Krieger, T. G., et al. Modeling Glioblastoma Invasion Using Human Brain Organoids and Single-Cell Transcriptomics. Neuro-Oncology, 22, 1138–1149 (2020)
4. Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019)
 
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