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PicoPLEX DNA-seq Kit酶试剂盒Takara Clontech

发表于2024年4月24日由上海金畔生物科技有限公司

上海金畔生物科技有限公司代理Takara Clontech酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

PicoPLEX DNA-seq Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R300381	PicoPLEX® DNA-seq Kit	48 Rxns	￥18,375

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Illumina单细胞起始高再现性测序文库构建

PicoPLEX® DNA-seq Kit

· 高再现性：拷贝数变异（CNV）及染色体异倍性检测重复性高 · 完整的文库构建试剂：包含所有文库构建所需试剂 · 简便的工作流程：从单细胞到测序可用文库仅需三步 · 快速：3小时内完成Illumina NGS文库构建 · 低污染、低错误发生率：单管内完成文库构建，无需转移

■ 产品说明：

PicoPLEX® 技术过去常结合基因芯片技术用于检测单细胞层面基因拷贝数变异，现在可以在单管中构建Illumina NGS分析的文库。PicoPLEX® WGA在全球被IVF行业供应商信赖并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断（PGS/PGD）。 PicoPLEX® DNA-Seq Kit简化了文库制备的过程；整个制备过程可在单管或单孔中完成，降低了错误和样品污染的概率，加速了实验进程，并且削减了实验成本。PicoPLEX® DNA-Seq Kit具有48次反应规格，具备完整的48个单独细胞或DNA（6 pg至60 pg）起始的NGS文库构建试剂，包括dual Barcodes。单微孔板中含有Barcoding Oligonucleotides。

图1. PicoPLEX 技术概要

图2. PicoPLEX DNA-seq测序工作流程。用于Illumina NGS平台测序文库构建的主要步骤，其中PCR板可用单管代替。

图3. 染色体异倍性分析的重复性。经流式细胞仪分选出11个不同步的H929细胞，使用本试剂盒制备文库后，经MiSeq测序，将获得的35个base single-end reads比对到人类基因组，对总计250,000 reads进行分析，各细胞得到的结果相同，显示了很高的重现性。

图4. NGS与Array分析的比较验证。使用同一胚胎单细胞库分别进行Array和NGS分析，确认本制品和24 sure array（Illumina）两者的等效性。NGS的结果与Array的结果一致。测序结果显示：2p检测到末端丢失（图示），12q检测到末端增加（数据未展示），经高分辨率的FISH分析确认，是与亲代DNA漏检的易位相关。 *数据来源于Genetics & IVF Institute.

图5. 无需进行文库定量。采用流式细胞仪分选的不同步的H929细胞，使用本试剂盒进行文库构建后，Miseq平台进行测序。由于本产品高重复性的特点，在文库pooling前无需进行定量。注: 图中空白的条带表示该位置处细胞缺失。

■ 产品组成

· Cell Extraction Buffer（Green） · Extraction Enzyme Dilution Buffer（Violet） · Cell Extraction Enzyme（Yellow） · Pre-Amp Buffer（Red） · Pre-Amp Enzyme（White） · Amplification Buffer（Orange） · Amplification Enzyme（Blue） · Nuclease-Free Water（Clear） · Dual Index Plate · Quick Protocol

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自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)酶试剂盒Takara Clontech

发表于2022年9月6日由上海金畔生物科技有限公司

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自动化高通量的单细胞全长转录组分析(SMART-Seq Pro)
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	640257	SMART-Seq Pro Application Kit	2 Chips	询价
Clontech	640192	ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal	Each	询价
Clontech	640018	MSND 384-Well Source Plate and Seal	20/Pack	询价

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SMART-Seq技术助力ICELL8 cx系统单细胞全长转录组分析方案

全长序列覆盖可以实现对整个转录的差异表达分析，并且可以对基因融合、剪接体这类生物标志物进行检测。高灵敏度的SMART-Seq Pro可以胜任以上分析需求。 SMART-Seq Pro Application Kit将SMART-Seq试剂与ICELL8 cx Single-Cell System（Cat No. 640188）相结合，并整合了生物信息学工具，提供一套端到端的单细胞全长转录组分析流程，一次实验可以对1,200~1,500个分离的单细胞进行高效的全长转录组分析。 通过ICELL8 cx系统将细胞分注到ICELL8 350v Chip（Cat No. 640019）空白微孔芯片中。使用ICELL8 cx CellSelect Software鉴定出含单个细胞的微孔，文库构建试剂只被分注到这些选中的微孔中。经过一系列分注和扩增步骤后，获得无偏倚的全长cDNA，并通过Illumina Bead-Linked Transposome（BLT）完成酶切片段化。在这一扩展性的工作流程中，cDNA扩增阶段引入了Illumina特异性接头序列，生成的文库已连接index接头，可直接用于Illumina测序平台。测序过程结束后，获得的测序数据可直接导入Cogent NGS软件工具进行生物信息学分析，解释测序结果。

NOTE：旧版本SMART-Seq Application Kit（Cat No. 640222）依然可以购买。

更多孔板测序应用，请参见 单细胞RNA-Seq / DNA-Seq

■ 概述

· 端到端的解决方案：从文库制备到测序数据分析工具 · 覆盖全长mRNA：捕获转录组中“深藏”的关键生物标志物，如基因融合、剪接异构体 · 高通量单细胞分析：可以平行地从＞1,000个单细胞中生成测序数据 · 样品配置灵活：一次实验最多可对八种细胞样品进行分析 · 减少样品操作：减小数据波动，构建测序文库前自动鉴定并分选出感兴趣的细胞，仅对这些细胞进行试剂分注 · Illumina平台测序文库：制备的测序文库适用于Illumina全系平台

■应用

用于Illumina平台上高通量全长单细胞转录组测序文库制备

图1. SMART-Seq Pro和Smart-seq2在PBMCs中基因检测结果比较

Technote： 点击图片查看

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SMART-Seq Single Cell Kit & SMART-Seq Single Cell PLUS Kit酶试剂盒Takara Clontech

发表于2022年9月6日由上海金畔生物科技有限公司

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SMART-Seq Single Cell Kit & SMART-Seq Single Cell PLUS Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R400750	SMART-Seq® Single Cell PLUS Kit	48 Rxns	￥47,828
Clontech	R400751	SMART-Seq® Single Cell PLUS Kit	96 Rxns	￥85,494
Clontech	R400744	Unique Dual Index Kit – 48U	48 Rxns	询价
Clontech	R400745	Unique Dual Index Kit – 96U	96 Rxns	询价
Clontech	634470	SMART-Seq Single Cell Kit	12 Rxns	￥13,341
Clontech	634471	SMART-Seq Single Cell Kit	48 Rxns	￥37,759
Clontech	634472	SMART-Seq Single Cell Kit	96 Rxns	￥65,697

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SMART-Seq Single Cell Kit & SMART-Seq Single Cell Plus Kit：更胜一筹的单细胞mRNA全长分析

· 简便，基于Plate的工作流程 - 可直接以FACS或其他方法分选的单细胞起始 · 单管操作流程 - SMART-Seq Single Cell PLUS Kit包含完整的cDNA合成和文库构建流程，分别在单管中进行，减少样品损失与混淆，降低手动操作误差 · 灵敏度高和一致性好 - 非常适用于单细胞（尤其是RNA含量非常低的细胞和细胞核）RNA-Seq的研究，可检测更多基因 · 可靠的全长cDNA分析 - 性能优于许多现有的单细胞全长cDNA合成方法，例如Smart-seq2 · 增强的测序性能 - SMART-Seq Single Cell PLUS Kit整合双端特殊index（UDI），即便多个文库pool后用高通量型Illumina测序仪（如Novaseq）分析，也能得到正确结果 · 高度灵活的工作流程 - 可与自动化设备兼容 · 更高的文库产量 - 更便于使用高通量型Illumina测序仪分析（如Novaseq），或保存剩余的文库用于多次测序

■ 产品说明

SMART-Seq Single Cell Kit (SSsc) 和SMART-Seq Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS) 是Takara科学家专门研发推出的两款具有高灵敏度和高可再现性的试剂盒，适用于单细胞和单个细胞核的RNA-Seq分析。试剂盒采用oligo（dT）引物，可从一些RNA含量非常低的单细胞（如PBMC, T细胞，B细胞）直接起始，并完成全长cDNA的捕获。

SMART-Seq Single Cell Kit是基于经典的SMART技术优化改良而来的单细胞cDNA合成试剂盒，可以提供全长转录本的信息，支持分析转录本异构体、融合基因、点突变等广受科研人员关注的研究内容，具有更高的灵敏度和再现性。此外，该试剂盒还能提供均一的gene body覆盖度，高GC含量转录本也能得到正确分析。这些改进使得SSsc更适合单细胞分析，能得到更多有效reads、更高的基因检测数，对珍贵样本的理解更透彻！这些特点使SSsc远远超过许多现有的单细胞全长cDNA合成方法，例如SMART-Seq2！

SMART-Seq Single Cell PLUS Kit在包含核心的cDNA合成试剂基础上，同时整合了Takara Bio Group专利性的文库构建技术（U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727, 10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823）及单次使用的双端特殊index（UDI），提供完整的单细胞cDNA合成到文库构建的实验体验。建库试剂中包含片段化酶，以实现对合成cDNA的片段化，接着利用特别的茎环形接头构建高品质Illumina文库。在建库阶段，单管两步操作、过程中无需纯化、2 h即可建成文库！

■ SSsc：更胜一筹的单细胞全长转录组分析！

The SMART-Seq Single Cell Kit outperforms Smart-seq2

图1. 与Smart-seq2法的比较

Takara科学家以淋巴母细胞系GM12878单细胞为样本制备文库，分别采用SMART-Seq Single Cell Kit(SSsc,18个重复)和Smart-seq2法（Smart-seq2，20个重复）合成cDNA（均进行19个PCR循环扩增），所有样本都均一化至1.75M paired-end reads，然后制备RNA-Seq文库并进行测序分析。

Panel A 根据cDNA的制备方法不同，结果也不同。相比而言，Smart-seq2结果中比对到线粒体基因组的比率较高，而检测到基因鉴别的reads数相对较少。

Panel B SMART-Seq Single Cell Kit能检测到比Smart-seq2更多的基因。

■ SSsc PLUS Kit：不只是一个Kit，更是完整且更胜一筹的单细胞RNA-Seq建库体验！

为了使单细胞cDNA合成、文库构建实验“一步”到位，我们全新推出了SSsc PLUS Kit，从此您无需再单独购买建库模块，也不用“忍受”不同厂家不同步的供货周期。

从高灵敏度、高重复性的cDNA合成出发，构建更高品质Illumina文库

Takara科学家以10 pg小鼠脑total RNA起始，采用SMART-Seq Single Cell Kit完成cDNA合成。随后分别采用SSsc Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模块与市面上较常用的A公司试剂盒构建文库，并比较性能差异。

从测试数据中可以看出，SSsc PLUS Kit所建文库的产量是A公司Kit产量的5倍，而更高的文库产量更适于高通量型Illumina测序仪，如Novaseq。

两种方法所建文库随后用Nextseq 500完成测序，并对TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因数进行统计。相较于A公司文库，SSsc PLUS文库能检出更多的基因，从同样的cDNA起始能“捕获”更全的信息！

比较数据来源于Takara Bio USA, Inc.

SSsc点击图片下载

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更多实验数据：

SSsc Kit

SSsc PLUS Kit

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单细胞NGS解决方案

SMART-Seq v4 Kit & SMART-Seq v4 PLUS Kit酶试剂盒Takara Clontech

发表于2022年9月6日由上海金畔生物科技有限公司

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SMART-Seq v4 Kit & SMART-Seq v4 PLUS Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	R400752	SMART-Seq® v4 PLUS Kit	48 Rxns	￥47,920
Clontech	R400753	SMART-Seq® v4 PLUS Kit	96 Rxns	￥86,457
Clontech	R400744	Unique Dual Index Kit – 48U	48 Rxns	询价
Clontech	R400745	Unique Dual Index Kit – 96U	96 Rxns	询价
Clontech	634888	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	12 Rxns	￥13,966
Clontech	634889	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	24 Rxns	￥23,654
Clontech	634890	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	48 Rxns	￥37,852
Clontech	634891	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	96 Rxns	￥66,839
Clontech	634892	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	192 Rxns	￥116,774
Clontech	634893	SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing	480 Rxns	￥232,084

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SMART-Seq v4 Kit & SMART-Seq v4 Plus Kit：性能卓越的Ultra low mRNA全长分析

· 高灵敏度 - 可以从10 pg总RNA起始（起始量：1-1000个细胞或10 pg-10 ng总RNA） · 高质量的RNA-Seq数据 - 保留全长基因信息，低rRNA比率，高基因检出数，有效扩增GC-rich转录本 · 单管操作流程 - SMART-Seq v4 PLUS Kit包含完整的cDNA合成和文库构建流程，分别在单管中进行，减少样品损失与混淆，降低手动操作误差 ·增强的测序性能 - SMART-Seq v4 PLUS Kit整合双端特殊index（UDI），即便多个文库pool后用高通量型Illumina测序仪（如Novaseq）分析，也能得到正确结果 ·更高的文库产量 - 更便于使用高通量型Illumina测序仪（如Novaseq）测序，或保存剩余的文库用于多次测序   ■ 产品说明

SMART-Seq v4 Kit（SSv4）和SMART-Seq v4 PLUS Kit是第4代SMARTer Ultra low系统，能正确分析低至10 pg的Ultra low RNA，具有高灵敏度、高再现性的特点。 SMART-Seq v4 Kit是基于经典的SMART技术优化改良而来的，用于Ultra low RNA或少量细胞cDNA合成的试剂盒，提供全长转录本的信息，支持分析转录本异构体、融合基因、点突变等广受科研人员关注的内容，具有更高的灵敏度和再现性。SMART-Seq v4的Oligo中整合锁核酸（Locked Nucleic Acid, LNA）技术，提升了SSv4模板转换效率，能获得更高的再现性、更均一的gene body覆盖度，高GC含量转录本也能得到正确分析。 SMART-Seq v4 PLUS Kit在包含核心的cDNA合成试剂基础上，同时整合了Takara Bio Group专利性的文库构建技术（U.S. Patents 7,803,550, 8,399,199, 8,728,737, 9,598,727, 10,196,686, 10,208,337, and 11,072,823）及单次使用的双端特殊index（UDI），提供完整的Ultra low RNA或少量细胞由cDNA合成到文库构建的实验体验。建库试剂中包含片段化酶，以实现对合成cDNA的片段化，接着利用特别的茎环形接头构建高品质Illumina文库。在建库阶段，单管两步操作、过程中无需纯化、2 h即可建成文库！

■ SSv4 Kit：更受客户认可的经典技术！

图1. SMART-Seq v4 模板转换机制

表1. 1、100、1000个Hela细胞主要mRNA-Seq数据 (Illumina® MiSeq® platform)

表2. 10 pg-10 ng的人脑总RNA的mRNA-Seq (Illumina® MiSeq® platform)

■ SSv4 PLUS Kit：不只是一个Kit，更是完整的Ultra low RNA-Seq建库体验

为了使Ultra low RNA或少量细胞cDNA合成、文库构建实验“一步”到位，我们全新推出了SSv4 PLUS Kit，从此您无需再单独购买建库模块，也不用“忍受”不同厂家不同步的供货周期。

从高灵敏度、高重复性的cDNA合成出发，构建更高品质Illumina文库

Takara科学家从10 pg小鼠脑total RNA起始，采用SMART-Seq v4 Kit完成cDNA合成。随后分别使用SSv4 Plus Kit中的SMART-Seq Library Prep Kit模块与市面上较常用的A公司试剂盒构建文库，并比较性能差异。

比较数据来源于Takara Bio USA, Inc.

从测试数据中可以看出，SSv4 PLUS Kit所建文库的产量高于A公司Kit产量，而更高的文库产量更适于高通量型Illumina测序仪，如Novaseq。

两种方法所建文库随后用Nextseq 500完成测序，并对TPM(Transcripts per million)≥0.1的基因数进行统计。SSv4 PLUS文库能比A公司文库检出更多基因，从同样的cDNA起始能“捕获”更全的信息！

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更多实验数据：

SSv4 Kit

SS v4 Plus Kit

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单细胞NGS解决方案

SMART-Seq Stranded Kit酶试剂盒Takara Clontech

发表于2022年9月6日由上海金畔生物科技有限公司

上海金畔生物科技有限公司代理Takara Clontech酶试剂盒全线产品，欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

SMART-Seq Stranded Kit
品牌	Code No.	产品名称	包装量	价格（元）	说明书	数量
Clontech	634442	SMART-Seq® Stranded Kit	12 Rxns	￥12,631
Clontech	634443	SMART-Seq® Stranded Kit	48 Rxns	￥41,939
Clontech	634444	SMART-Seq® Stranded Kit	96 Rxns	￥55,549

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SMART-Seq® Stranded Kit

SMART-Seq® Stranded Kit：以单细胞起始，构建高质量的链特异性RNA-seq文库

· 操作简便：以1–1,000个细胞 或10 pg-10 ng的总RNA起始，仅需7h即可完成文库制备； · 高灵敏度：可以单细胞起始，保留链特异性，最终获得全长总RNA序列信息； · 高再现性：准确检测包含编码和非编码RNA在内的全部转录组； · 用途广泛：适用于降解的样本； · 适用对象：人、小鼠、大鼠。   SMART-Seq® Stranded Kit能够直接从1-1,000个完整细胞（或10 pg-10 ng总RNA）起始，制备链特异性Illumina测序文库。本试剂采用随机引物法可以制备完整的转录组文库，并适用于部分降解及低品质的RNA。此外，本试剂采用专有的ZapR技术，在文库制备过程中去除核糖体cDNA。   如果是以oligo-dT引物起始对微量高品质的RNA进行cDNA合成时，推荐使用 SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing 或SMART-Seq HT Kit试剂盒。

图1. SMART-Seq Stranded Kit的技术流程

图2. 使用SMART-Seq Stranded Kit制备文库的结构特征

接头序列包含：通过PCR 1反应添加的可以与Illumina流动池结合生成簇的P7、P5序列（P7以淡蓝色表示，P5以红色表示），用于区分单个lane上多个样本的Index序列（Index 1 [i 7] 序列连接在P7端，Index 2 [i 5]连接在P5端）。并且还包括识别测序引物区域的Read 2（紫色）和 Read 1（绿色）。通过Read 1起始得到的原始RNA的反义链序列，Read 2起始获得的是原始RNA的正义链序列。其中，通过Read 2起始时，前3个碱基（XXX）是SMART-Seq Stranded Adapter衍生的序列。因此在双端测序时，需要在mapping前去掉这3个碱基。

表1.不同样本起始量的分析结果

以人脑总RNA 10 pg至10 ng不同量起始，使用SMART-Seq Stranded Kit制备RNA-Seq文库。该表中所显示的数据是三次重复的平均值，且重复之间相关性系数非常高（Pearson/Spearman表示）。即使起始量为10 pg时，也具有非常高的重现性。

图3. 在低起始量时，SMART-Seq Stranded Kit和Pico v2的比较

Panel A.以人脑总RNA (50 pg-10 ng)起始，分别使用SMART- Seq Stranded Kit和SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 -Pico Input Mammalian (Pico v2)制备RNA-Seq文库（均做三次重复）。从测序数据随机抽取250万paired-end reads进行生物学信息分析。

Panel B.比较这两个试剂盒在总RNA以 50 pg起始制备文库的转录表达水平 (见Panel A)， SMART-Seq Stranded Kit (Pearson =0.97)的再现性高于Pico v2 (pearson =0.92)。

图4. 不同起始量样本的高重现性

利用FACS分离出A375细胞，分别以1-1,000个细胞起始使用SMART-Seq Stranded Kit制备测序文库。其中，以5-1,000个细胞起始时，均做两个重复；以单个细胞起始时，做12个重复。为了作比较，同时使用从两种1,000个细胞中纯化的总RNA制备文库。

Panel A.：1-1,000个细胞起始的分析结果；

Panel B.：通过聚类热图展示了Panel A.中所示的所有样本的Euclidea距离，以及Pearson相关系数（范围为0.85至0.99）。其中单细胞样本标记为Cell1-Cell12，其他样本分别标记为a-b。

Technote：

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