芽胞具有高度的折光性，外膜致密，渗透性低，着色和脱色均较困难。在加热条件下进行染色时，染料不仅进入菌体也可进入芽孢内，进入菌体的染料可被酒精脱色，而芽胞上的染料仍保留，经复染剂复染后，菌体和芽胞呈现出不同的颜色。