J01季铵盐杀菌剂在水中能改变细胞膜的性质，起到杀伤细胞壁和原生质膜，并能与蛋白质起反应致使细胞死亡，与微生物接触后，就能迅速地抑制其生长，从而导致生物细胞的死亡，并能穿透粘泥附在器壁上的生物膜，起到生物剥离，抑制和杀灭作用。